2013年1月WhatsApp网页版，加拿大隐私权委员会办公室（The Office of the Privacy Commissioner of Canada，OPC）与荷兰资料保护机构（Dutch Data Protection Authority，CBP）共同针对知名行动程序WhatsApp的隐私作法展开调查，并指控WhatsApp违反国际隐私权准则，未能遵循国际间对于个人资料的保留、维护与揭露原则。
2019年5月，WhatsApp和以色列开发商NSO Group确认他们在Android和iOS版本WhatsApp的通话功能发现漏洞WhatsApp网页版，而且成功置放NSO的Pegasus间谍软件。这工具即使用户没有应答电话WhatsApp网页版，也可以对目标进行攻击，而且不会留下通话记录。Pegasus还可以开启相机和麦克风功能，以及访问位置和消息内容。Facebook随后控告该公司认为他们侵犯信息安全且有蓄意行为，但有分析师认为可能事件严重度高所以脸谱采用此法先行卸除责任。10月后美国旧金山法院一份文件显示内情让舆论哗然，4月29日至5月10日之间，至少1400名WhatsApp用户手机遭到攻击，其中包括分布在五大洲至少20个国家的100名外交官、记者、组织人士、高级官员等人士。其针对性之高让人怀疑背后有政治动机或至少是极高端黑客组织行为，被黑手机用户很多是美国盟国的官员。
《金融时报》还暗示NSO和以色列政府有关联。报道称他们还曾出品一款“飞马座”软件是由以色列政府出售，仅提供给其他国家政府部门以协助进行犯罪调查也是跟入侵手机有关。不过当时NSO和以色列政府均否认参与任何“黑客行动”。以色列安全内阁部长埃尔金（Ze'ev Elkin）于11月1日接受特拉维夫当地电台102.FM采访时撇清关系，称NSO是家私企，“以色列政府并没有参与本次事件，众所周知，这件事和以色列政府无关”。
WhatsApp将会在2021年2月8日与Facebook分享包含但不限于（手机号码，IP地址）等数据。